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Les travaux de caractérisation du bassin versant de la rivière du Cap Rouge,
principalement celui réalisé par la firme Éco Vision en 2003 avec le soutien de l'UQCN
et du FAQDD, ont permis de cibler différents problèmes auxquels devront faire face
les acteurs de l'eau du bassin versant. Les principaux problèmes identifiées à ce jour
ont trait à :
- la mauvaise qualité de l'eau de la rivière due principalement aux activités
agricoles et aux rejets d'eaux usées domestiques; - l'érosion des rives attribuable à l'intensité et à la fréquence
des débits de pointe; - la dégradation des habitats fauniques causée principalement
par la mauvaise qualité de l'eau et l'érosion des berges; - la conservation des milieux naturels existants, tout en maintenant
ou favorisant leur accessibilité pour le public.